Komplikasi prosedur panendoskopi sangat jarang terjadi. Prosedur panendoskopi relatif aman dengan risiko komplikasi hanya sekitar 1% dan tidak terkait dengan mortalitas, terutama bila dilakukan oleh tenaga yang terlatih.[14,15]

Potensi komplikasi panendoskopi mencakup aritmia, hiperkarbia akibat ventilasi yang tidak adekuat selama anestesi umum, dan perdarahan. Panendoskopi juga berpotensi menimbulkan trauma langsung pada tracheobronchial tree, menyebabkan perdarahan, laserasi, dan dislokasi aritenoid. Potensi komplikasi lain mencakup cedera gigi geligi, trauma mata, dan cedera pada bibir dan lidah.

Panendoskopi juga dapat menyebabkan edema atau perdarahan akibat manipulasi yang dilakukan selama prosedur, sehingga menginduksi spasme laring ataupun obstruksi jalan napas. Ekstensi leher yang dilakukan dapat menimbulkan cedera neurologi, terutama pada pasien dengan instabilitas atlanto-aksial. Potensi komplikasi lain yang perlu diwaspadai adalah pneumothorax dan pneumomediastinum.[7]