Tidak ada kontraindikasi yang bersifat absolut pada pemeriksaan fisik hidung. Pemeriksaan fisik hidung merupakan tindakan yang mudah dan tidak invasif, sehingga relatif aman dilakukan pada semua pasien.

Meskipun pemeriksaan fisik hidung relatif aman, pemeriksaan ini melibatkan alat seperti spekulum hidung (rinoskopi) yang dimasukkan ke dalam kavum nasal yang dapat menimbulkan rasa tidak nyaman, nyeri, atau memicu respons vasovagal pada pasien.[3,9]

Selain itu, pemeriksaan juga perlu berhati–hati pada pasien dengan gangguan perdarahan. Informed consent yang baik perlu diberikan pada pasien sebelum melakukan tindakan ini.[5]