Komplikasi akibat swab tenggorok jarang terjadi karena tindakan ini adalah prosedur invasif minimal yang relatif aman. Pada beberapa pasien, refleks muntah bisa terpicu dan pasien bisa merasakan ketidaknyamanan selama pengambilan apusan.

Obstruksi pernapasan akut dapat terjadi apabila swab tenggorok dilakukan pada pasien dengan epiglotitis.[6,9]