Sekitar 90-95% etiologi pyelonephritis atau pielonefritis adalah bakteri Escherichia coli, terutama uropathogenic E. coli atau UPEC. Bakteri lain, Staphylococcus sapropyhticus ditemukan sebanyak 5-15% penyebab pyelonephritis, khususnya pada wanita muda. Bakteri selain E. coli lebih sering ditemui pada pyelonephritis dengan komplikasi. Daftar bakteri penyebab pyelonephritis, diurutkan mulai dari etiologi tersering ke terjarang, dapat dilihat pada tabel 1. [3,5]

Tabel 1. Bakteri Penyebab Pyelonephritis