Patofisiologi transient tachypnea of the newborn (TTN) berkaitan dengan terlambatnya clearance dan absorpsi cairan paru akibat gangguan amiloride-sensitive epithelial sodium channel (EnaC) dan natrium kalium ATPase (Na/K ATPase). Selama masa kehamilan, epitel paru janin menyekresi cairan alveolar yang berfungsi penting untuk pertumbuhan paru normal.[2,4]

Pada saat persalinan, hormon maternal, yaitu epinefrin dan glukokortikoid, menstimulasi paru janin untuk memulai absorpsi cairan alveolar dengan mengaktivasi ENaC yang berada di membran apikal pneumosit alveolar tipe II. Proses clearance cairan alveolar dimulai dengan transpor pasif sodium menuju sel alveolar tipe II dengan melewati ENaC, yang dilanjutkan dengan transpor aktif sodium menuju interstitium pulmonal melalui pompa Na+/K+ ATPase.[2,4]

Gradien osmotik yang terbentuk menyebabkan  transpor pasif air yang selanjutnya diabsorpsi menuju sirkulasi pulmonal dan sistem limfatik. Pada TTN, terlambatnya clearance cairan alveolar diduga terjadi akibat abnormalitas aktivitas ENaC dan Na/K ATPase.[2,4]