Tidak ada kontraindikasi absolut dalam melakukan urinalisis. Pemeriksaan ini aman dan bersifat non-invasif.

Pada kasus di mana sampel urine tidak dapat diperoleh melalui diuresis langsung, kontraindikasi akan berkaitan dengan tindakan invasif yang dilakukan untuk memperoleh sampel urine, misalnya pemasangan kateter uretra atau aspirasi suprapubik.

Pada wanita yang sedang menstruasi, pemeriksaan urinalisis kurang disarankan karena dapat menimbulkan bias hasil hematuria. Pemeriksaan ini juga kurang disarankan pada pasien yang baru menjalani pemeriksaan radiokontras dalam 24 jam terakhir karena dapat menimbulkan proteinuria positif palsu. Pada kedua kelompok pasien ini, pemeriksaan urinalisis dapat ditunda terlebih dahulu.[1-4]