Komplikasi tindakan bronkoskopi bergantung pada faktor pasien dan pengalaman operator. Secara umum bronkoskopi adalah tindakan yang aman. Frekuensi komplikasi bervariasi antara 0,4% hingga 1%, sedangkan angka mortalitas kurang dari 0,04%. Komplikasi tindakan bronkoskopi biasanya minor dan terkait tindakan, seperti perdarahan dan pneumothorax, atau terkait anestesi, seperti hipertensi dan aritmia. Komplikasi umumnya muncul dalam beberapa jam setelah tindakan.

Komplikasi umum yang dapat terjadi yaitu hipoksia karena ventilasi yang tidak adekuat, perdarahan intrabronkial, dan kongesti akibat sekresi bronkus atau fragmen jaringan. Hal ini dapat ditangani dengan meningkatkan FiO2 dan memposisikan ulang bronkoskop, aspirasi sekret, pengangkatan fragmen tumor, kontrol hemostatis, dan drainase pneumothorax.

Jika terdapat ketidakseimbangan hemodinamik, vasopressor dapat dipertimbangkan. Laringospasme dan bronkospasme dapat terjadi pada beberapa pasien. Perlu diperhatikan juga bahwa hipoksia dan hiperkarbia dapat memicu aritmia sehingga pemantauan elektrokardiografi penting untuk dilakukan.