Pengawasan klinis pada penggunaan favipiravir harus mencakup pemeriksaan kehamilan karena obat ini bersifat teratogenik. Apabila digunakan pada pria dan wanita usia subur, kontrasepsi harus digunakan selama terapi hingga 7 hari penghentian obat. Jika terjadi kehamilan, hentikan pengobatan dengan favipiravir.

Favipiravir pernah dilaporkan berkaitan dengan gejala psikoneurotik seperti perilaku abnormal, meskipun belum jelas hubungan sebab akibatnya. Perlu dilakukan pengawasan, terutama untuk pasien di bawah umur.

Pemberian favipiravir juga dapat meningkatkan kadar asam urat, sehingga perlu dilakukan pemantauan kadar asam urat, terutama pada pasien gout dan hiperurisemia.[4,11]