Pengawasan klinis yang perlu dilakukan pada penerima phenelzine adalah monitor perubahan perilaku atau perburukan gejala depresi yang ditandai dengan munculnya keinginan bunuh diri, agitasi, dan iritabilitas. Pemantauan khusus perlu dilakukan pada pasien dengan depresi berat karena phenelzine berpotensi menyebabkan gangguan bipolar serta keinginan bunuh diri. Pengawasan perlu dilakukan lebih ketat pada 1–2 bulan pertama terapi serta pada tiap titrasi dosis.[2,5,8]

Tekanan darah pasien perlu diukur secara rutin karena phenelzine dapat menyebabkan hipotensi ortostatik. Selain itu, phenelzine dapat menyebabkan krisis hipertensi akibat interaksi dengan obat-obat simpatomimetik atau makanan yang mengandung tiramin.

Beberapa gejala yang mungkin menandakan krisis hipertensi adalah nyeri kepala regio oksipital yang menjalar ke frontal, palpitasi, kaku leher, mual/muntah, dan keringat berlebih. Pemberian phenelzine sebaiknya dihentikan jika pasien sering mengalami palpitasi dan nyeri kepala. Pemantauan fungsi ginjal dan fungsi liver juga mungkin perlu dilakukan.[5,6,8]