Komplikasi kolposkopi yang paling umum adalah rasa tidak nyaman saat prosedur pemeriksaan berlangsung. Dapat terjadi perdarahan minor, rasa nyeri, dan infeksi setelah pemeriksaan. Perdarahan masif dapat terjadi, terutama jika dilakukan biopsi, tetapi hal ini jarang.[1,5]

Komplikasi lain adalah penilaian derajat keparahan lesi yang terlalu tinggi oleh dokter yang kurang berpengalaman. Hal ini membuat pasien menjalani pengobatan yang mungkin tidak diperlukan dan berpotensi menimbulkan gejala sisa yang merugikan, seperti stenosis atau inkompetensi serviks.[8]