Komplikasi akibat swab nasal cukup jarang terjadi. Sebuah kohort berbasis populasi di Lubeck Jerman melaporkan komplikasi sebesar 0,026% dari total pengambilan sampel 11.477 swab pada 3083 individu.[5]

Beberapa komplikasi yang telah dilaporkan pada tindakan swab nasal adalah nyeri, rasa tidak nyaman hingga memicu refleks muntah, patahnya ujung stik apusan saat pengambilan sampel, dislokasi sendi temporomandibular, ataupun epistaksis.

Pasien dengan peningkatan risiko perdarahan, seperti mereka yang mengonsumsi warfarin, tidak disarankan melakukan pemeriksaan ini.