Kontraindikasi absolut untuk pemeriksaan PET (positron emission tomography) scan umumnya tidak ada, tetapi terdapat kontraindikasi relatif, yaitu wanita hamil, karena pemeriksaan radiologi berisiko menimbulkan efek teratogenik, karsinogenik, dan mutagenik.

Usia kehamilan yang sensitif terhadap efek radiasi, terutama pada sistem saraf pusat, adalah 8-15 minggu, saat terjadinya migrasi dan perkembangan pesat sel-sel saraf. Namun, risiko yang dapat timbul sangat minimal, karena dosis paparan radiasi pada janin akibat pemeriksaan PET scan lebih kecil dari 20 mGy. Pertimbangan melakukan PET scan pada ibu hamil perlu menilai rasio manfaat dan risiko kasus per kasus.

Selain itu, kondisi obesitas dapat mempersulit pasien untuk masuk ke dalam ruangan tindakan. Pada pasien dengan klaustrofobia, sedasi mungkin perlu diberikan.[3,4,8]